Có 3 hệ thống phụ nằm trong vùng đất ngập mặn là:

• Đất ngập nước mặn thuộc ven biển
• Đất ngập nước mặn thuộc cửa sông
• Đất ngập nước mặn thuộc đầm phá

Có 3 hệ thống phụ trong hệ thống đất ngập nước ngọt là:

• Đất ngập nước ngọt thuộc sông
• Đất ngập nước ngọt thuộc hồ
• Đất ngập nước ngọt thuộc đầm

Đất ngập mặn ven biển thuộc ven biển

Ven biển là vùng chuyển tiếp giữa đất liền và đại dương. Vùng ven biển có những đặc trưng sau:

• Đây là vùng chịu ảnh hưởng trực tiếp từ thủy triều, sóng biển, hải lưu và gió.
• Môi trường nước không hoặc có sự pha trộn rất ít giữa nước ngọt và nước mặn do nằm xa cửa sông.
• Giới hạn trên của vùng ven biển là mức thủy triều cao nhất bình quân hàng tháng trong năm.
• Giới hạn dưới của thềm lục địa có độ sâu mực nước khi thủy triều mức thấp nhất không vượt quá 6 m.[21]
• Vùng ven biển bao gồm các đảo nhỏ ven biển.

Những vùng đất gần ven biển nhưng được cách biệt với sự ảnh hưởng của biển bằng hệ thống đê ngăn mặn sẽ không thuộc hệ thống đất ngập nước mặn ven biển.

Đất ngập nước mặn thuộc cửa sông

• Vùng cửa sông bao gồm cả tam giác châu đang hình thành do hoạt động tổng hợp của sông và biển, các dòng chảy phân nhánh, những diện tích lầy do điều kiện thoát nước, nhiều dạng tích tụ cát hình con trạch hoặc các giồng cát, cồn cát xếp thành các hình nan quạt.
• Cửa sông khá đa dạng về hình thái và cấu trúc. Dạng địa hình đặc trưng nhất của cửa sông là châu thổ hay còn gọi là tam giác châu. Châu thổ là dạng địa hình tích tụ của dòng sông tại nơi đó đổ vào bồn biển. Trên bề mặt châu thổ, dòng sông thường phân nhánh phức tạp, tuy nhiên cũng có những trường hợp không phân nhánh, do đó người ta vẫn xem sự phân nhánh là một dấu hiệu hình thái chỉ thị để xác định phạm vi của châu thổ.
• Về mặt động lực có sự tương tác phức tạp giữa quá trình sông với các quá trình biển, như động lực sóng, động lực triều và các dòng sông, nước dồn nước rút. Khi dòng sông giàu phù sa, hoạt động triều và nước dồn, nước rút yếu thì quá trình bồi tụ thuận lợi. Trong trường hợp dòng triều mạnh, cửa sông bị xâm thực và phù sa bị cuốn ra biển tham gia vào quá trình bồi tụ dọc bờ, hình thành loại cửa sông hình phễu. Ngoài ra quá trình bồi tụ ở đây dược thúc đẩy mạnh mẽ do nước ngọt trộn với nước biển sinh ra quá trình ngưng keo mạnh đối với các chất phù sa lơ lửng trong nước sông.
• Đặc trưng cơ bản phân biệt vùng cửa sông với ven biển là: Quá trình địa mạo ở vùng cửa sông luôn luôn có sự tương tác giữa các hoạt động của biển và các hoạt động của sông. Chế độ thủy văn và chất lượng nước ở các cửa sông luôn thay đổi theo mùa và tương quan chặt chẽ với nước cửa sông. Thành phần vật chất của hệ sinh thái ở vùng cửa sông có sự pha trộn các sản phẩm từ đại dương do biển đem lại và các sản phẩm từ lục địa do nước sông mang tới.
• Giới hạn trên của vùng cửa sông cũng là mức thủy triều cao nhất bình quân hàng tháng trong năm.
• Giới hạn dưới là thềm lục địa có độ sâu mực nước khi thủy triều ở mức thấp nhất không vượt quá 6m.

Đất ngập nước mặn thuộc đầm phá ven biển

Đầm phá nước mặn hình thành ở những vùng phức hợp phản ánh sự dao động triều và biến đổi về độ mặn cũng như độ ngập. Chúng thường bị chia cắt bởi những con lạch triều là những dòng nước hết sức quan trọng giúp cho việc trao đổi nước, chất dinh dưỡng, chất hữu cơ và các vùng sinh vật diễn ra. Chúng cũng là những tuyến kết nối đầm lầy nước mặn, cửa sông và các vùng biển mở, tạo cho đầm lầy nước mặn đóng vai trò thiết yếu trong việc đáp ứng các nhu cầu về nơi sinh sản nuôi dưỡng và kiếm ăn của nhiều loài sinh vật biển. mặc dù bị ảnh hưởng bởi sự lên xuống của thủy triều nhưng độ mặn của đầm lầy không cao.

Đất ngập nước thuộc sông

Hệ thống sông là hệ thống nhất quán của nhiều dòng sông, có chung một thủy hệ, cùng chung một dòng thoát nước đổ vào hồ lớn hoặc đổ ra biển, đất ngập nước ngọt thuộc sông bao gồm các dòng sông, suối kênh rạch nước ngọt và những vùng đồng bằng ngập lũ ven sông có chế độ thủy văn chịu ảnh hưởng của sông. Đồng bằng ngập lũ là vùng đất bằng phẳng tiếp giáp với sông và thường xuyên bị ngập lũ và thường tập trung nhiều nhất ở vùng hạ lưu các con sông. Ở nhiều nơi vùng đồng bằng ngập lũ thường gắn với vùng đất thấp ven biển và thường kết thúc ở các cửa sông và châu thổ.

Đất ngập nước ngọt thuộc hồ

Hồ là những mặt nước cố định chiếm giữ những khu vực rộng lớn hoặc những vùng trũng diện tích nhỏ góp phần làm phong phú thêm các loại hình đất ngập nước. Những mặt nước này bao gồm từ những loại như hồ có quy mô lớn thường có mực nước sâu và nhiệt độ thay đổi tùy thuộc vào độ sâu, cho đến những ao nhỏ thường là nông và nước có cùng nhiệt độ. Chúng có thể là tự nhiên hoặc nhân tạo. Đất ngập nước hình thành ở những rìa nông của hồ, ao tùy vào hướng độ dốc và độ sâu của nước.

Đất ngập nước ngọt thuộc về đầm

Đầm lầy nước ngọt thường xuất hiện ở những vùng nước cạn dọc bờ hồ, sông đặc biệt là những phần sông cụt chẳng hạn như những hồ hình thành từ những nhánh sông chết. Những vùng trũng sâu ở đồng bằng ngập lũ là những điều kiện hình thành đầm lầy nước ngọt thường là phải qua một quá trình diễn thế sinh thái. Đầm lầy tồn tại nhờ vào nước nguồn hơn là nước mưa. Các hoạt động của con người như đắp đê bao giữ nước đóng vai trò quyết định cho sự tồn tại của đầm.

Bậc III

Là các lớp đất ngập nước được phân chia theo chế độ địa chất thủy văn: ngập thường xuyên hay không thường xuyên.

Các loại hình thuộc hệ thống đất ngập nước mặn (thuộc ven biển, cửa sông đầm phá ven biển)

Các loại hình ngập nước mặn thường xuyên là những đối tượng luôn luôn ngập triều hàng tháng. Ranh giới được tính từ mức thủy triều thấp nhất bình quân hàng tháng tới độ sâu 6m.

Các loại hình ngập nước mặn không thường xuyên là những đối tượng ở vùng trung gian triều bị ngập khi thủy triều cao nhất bình quân hàng tháng.

Những loại hình không được xếp vào đất ngập nước mặn nếu không bị ngập bởi thủy triều lên cao nhất bình quân hàng tháng.

Các loại hình thuộc hệ thống đất ngập nước ngọt (thuộc sông, đầm, hồ)

Đất ngập nước ngọt thường xuyên là những loại hình đất luôn luôn bị ngập nước khi mực nước xuống thấp nhất hàng năm tới độ sâu 6m, khi mực nước xuống thấp nhất bình quân hằng năm.

Đất ngập nước ngọt không thường xuyên là những loại hình bị ngập nước ngọt nếu thời gian ngập liên tục từ 3 tháng trở lên.

Những loại hình không được xếp vào đất ngập nước ngọt nếu thời gian ngập liên tục hàng năm không đạt 3 tháng.

Theo đó có các lớp đất ngập nước như sau:[22]

1. Đất ngập nước mặn, ven biển, ngập thường xuyên
2. Đất ngập nước mặn ven biển, ngập không thường xuyên
3. Đất ngập nước mặn cửa sông ngập thường xuyên
4. Đất ngập nước mặn cửa sông ngập không thường xuyên
5. Đất ngập nước mặn đầm phá ngập thường xuyên
6. Đất ngập nước mặn, đầm phá ngập không thường xuyên
7. Đất ngập nước ngọt thuộc sông ngập thường xuyên
8. Đất ngập nước ngọt thuộc sông không thường xuyên
9. Đất ngập nước ngọt thuộc hồ ngập thường xuyên
10. Đất ngập nước ngọt thuộc hồ không ngập thường xuyên
11. Đất ngập nước ngọt thuộc đầm ngập thường xuyên
12. Đất ngập nước ngọt thuộc đầm ngập không thường xuyên

Bậc 4

Các đơn vị phân loại đất ngập nước ở bậc 4 được phân biệt với nhau căn cứ vào hiện trạng đất đai sử dụng đất. Các yếu tố phân loại gồm nền đất, thảm thực vật và hiện trạng sử dụng đất. Tên goi mỗi lớp phụ mang đầy đủ tính chất của một đơn vị đất ngập nước từ bậc 1 đến bậc 4: Hệ thống; hệ thống phụ; lớp và lớp phụ.

1. Đất ngập nước mặn, ven biển, ngập thường xuyên không có thực vật.
2. Đất ngập mặn ven biển ngập thường xuyên có các thực vật thủy sinh
3. Đất ngập mặn ven biển thường xuyên có bãi san hô
4. Đất ngập mặn ven biển ngập thường xuyên có các công trình nuôi trồng thủy sản.